来自南丹麦大学、威康桑格研究所和华大基因的研究人员今天在《基因组生物学》杂志上发表了一项研究，比较了单细胞rna测序(scRNA-seq)的文库制备和测序平台。

单细胞转录组学(即scRNA-seq)是一种新一代测序方法，可以同时测量单个细胞中数千个基因的信使RNA浓度(由DNA/基因组/遗传蓝图编码)。这使研究人员能够获得细胞的高分辨率视图，以解开异质性细胞群，并更好地了解体内单个细胞的功能。虽然存在几种单细胞方案，但传统上测序是使用Illumina技术和测序平台进行的。

作者在这里进行了传统Illumina平台与替代BGISEQ-500单细胞转录组短读测序平台的首次比较。作者使用两种不同的协议(SMARTer和Smart-seq2)通过scRNA-seq分析了468个细胞，生成了1297个单细胞文库，用于Illumina HiSeq和BGISEQ-500平台的测序。通过使用两种不同的细胞类型(人类永生化白血病细胞“K562”和小鼠胚胎干细胞“mESCs”)和合成RNA控制序列，作者对不同测序平台的性能进行了基准测试。研究发现，BGISEQ-500在检测RNA分子的灵敏度、准确性和可重复性方面与Illumina平台具有高度可比性

虽然测序试剂和人员成本受到地理限制，但BGISEQ-500通常以较低的成本具有更高的数据吞吐量。该论文的共同主要作者蒋淼淼博士指出:“更高的吞吐量和每通道略微增加的成本的结合，使bgiiseq -500成为scRNA-seq项目的一个有吸引力的替代方案，在这些项目中，需要大量的多路传输以及每个细胞的可观读取深度。”

“这是第一次将Illumina HiSeq与BGISeq-500测序平台进行单细胞rna测序的比较研究，为研究人员提供了另一种测序选择。我们的研究发现，两个平台之间的比较指标表现非常相似。这对大规模单细胞测序计划非常有用，可以生成所有人类细胞类型的参考图谱，增强我们对人类健康的理解。”

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